זקום מצרי ניכר בקוציו ובפריו דמוי התמר. מעצי זקום מצרי שנראו בשמורה עוד בשנות ה-40 לא עץ אחד. מקור כל עצי הזקום המצויים כיום בעין גדי הוא בזרעים שנאספו מחורשת הזקום ליד מעוז חיים, בצפון בקעת הירדן. השתילים ניטעו בשמורה בשנת 1962. במסורת האיסלאם נחשב זקום כעץ השאול, המתקיים מלהבות האש שבו, ופירותיו המרים הם עונש לפושעים בגהינום.
הריכוז הגדול ביותר בארץ של עצי ערף המדבר גדל בשמורת עין גדי. פירות הערף קטנים, עסיסיים, כתומים ודביקים, והם נאכלים על ידי טריסטרמיות, בולבולים ועטלפי פירות. בארץ נותרו רק עשרה פרטים של מרואה עבת- עלים – עץ נדיב ביותר- וחמישה מהם מצויים בשמורת עין גדי. גם בנאות המדבר שממזרח לים המלח, בירדן, גדלים עצים ממין זה. מורינגה רותמית הוא עץ נדיר, הגדל בארץ לאורך בקע ים המלח בתפוצה מקוטעת. הוא נראה כרותם גדול, והוא בולט בפריחתו היפה, בגוני ורוד- לבן, מן האביב ועד לסוף הקיץ. פריו הוא תרמיל ארוך, הנותר תלוי על העץ גם לאחר פיזור הזרעים. סלוודורה פרסית, ספק עץ ספק שיח ירוק- עד, יוצר גושי ירק גדולים ודחוסים. העלים גדולים ובשרניים ומשמשים מאכל אהוב ליעלים ולשפנים.